Finalmente, la Corte Suprema de Justicia resolvió, después de muchos años, que la desaparición forzada en democracia de José Huenante, sea conocida por la justicia ordinaria, sacando la causa así de la justicia militar. Con esto se abre la posibilidad de que el caso pueda ser investigado con mayor imparcialidad, tal como lo ha solicitado el Instituto Nacional de Derechos Humanos (INDH) que es parte querellante.
El máximo tribunal de justicia aseguró en el fallo que: “Cabe enfatizar la conveniencia de una investigación única, que se derive en la atribución de responsabilidad penal con respecto de civiles y/o militares, de tal suerte que las eventuales líneas de indagación emanen de un mismo ente persecutor, en cuyas manos se concentre el control del desarrollo de las mismas y la adopción de las decisiones que de su resultado se deriven; situación que, hasta ahora, no ha sido posible, precisamente, debido a la existencia de investigaciones en paralelo”.
Para el jefe regional del INDH de Los Lagos, Mauricio Maya, se trata de una muy positiva noticia: "Nos parece muy valorable la decisión del pleno de la Corte Suprema respecto del caso de José Huenante. Se trata del caso de un adolescente víctima de desaparición forzada en democracia en que el INDH es querellante y en el que el Estado de Chile tiene deberes de investigar y sancionar".
"Con esta decisión este caso de desaparición forzada en democracia se podrá investigar en la justicia ordinaria, pudiendo cumplirse con criterios de objetividad e imparcialidad de los que carece la justicia militar", ahondó Maya.
Ya en 2016 el Juzgado de Garantía de Puerto Montt declaró admisible la querella presentada por el INDH en contra de quienes resulten responsables de la desaparición de Huenante. En esa ocasión el tribunal determinó que la justicia ordinaria indagaría las eventuales responsabilidades de civiles en el caso, pero que la presunta participación de funcionarios de Carabineros seguiría siendo materia de la justicia militar.
De esta forma el INDH podrá seguir impulsando nuevas instancias de investigación, para que la posible responsabilidad de uniformados en la desaparición del joven también sea investigada.
El 3 de septiembre de 2005 el adolescente de 16 años, José Huenante, se encontraba junto a un grupo de amigos en las calles de la población Vicuña Mackenna de Puerto Montt. Luego de un confuso incidente, José fue detenido por Carabineros de Chile, no hallándose rastro alguno sobre su paradero hasta el día de hoy.