Aunque la Ley de Amnistía benefició también a varios cientos de presos políticos que quedaron en libertad, Amnistía Internacional y la Comisión Internacional de Juristas consideran que esta ley constituyó, en realidad, una maniobra del gobierno militar para proteger a sus propios integrantes de la posibilidad de ser enjuiciados en el futuro por la comisión de violaciones de derechos humanos.
Los órganos de las Naciones Unidas que se encargan de la vigilancia del cumplimiento de los tratados y la Comisión Interamericana de Derechos Humanos han señalado que “la Ley de Amnistía” de 1978 —el Decreto Ley Nº 2191— es incompatible con la obligación internacional del Estado chileno de investigar las violaciones de derechos humanos cometidas durante el gobierno militar, poner a los presuntos responsables a disposición judicial y castigar a los perpetradores de estos crímenes.
Ya en enero de 2001, Amnistía Internacional y la Comisión Internacional de Juristas publicaron un exhaustivo informe en derecho al respecto. El informe aborda la cuestión de la incompatibilidad de la Ley de Amnistía con el derecho internacional y la obligación de los tribunales de justicia chilenos de investigar y enjuiciar a los autores de violaciones graves de los derechos humanos cometidas durante el gobierno militar, entre ellas ejecuciones extrajudiciales, «desapariciones» y actos de tortura.
Amnistía Internacional considera que muchos crímenes cometidos en Chile durante el periodo de gobierno militar (1973 – 1990) siguen impunes. Conforme al derecho internacional, los actos sistemáticos y generalizados de ejecución extrajudicial, «desaparición» y tortura que tuvieron lugar en Chile durante el gobierno militar constituyen crímenes contra la humanidad.
Amnistía Internacional considera que las autoridades chilenas tienen la obligación de investigar la suerte corrida por las personas «desaparecidas», enjuiciar y castigar a quienes resulten responsables de estos crímenes —que, como crímenes de lesa humanidad, no están sujetos a ningún tipo de prescripción— y derogar la Ley de Amnistía, que es incompatible con las obligaciones internacionales del Estado chileno.