El ministro en visita extra ordinaria para causas por violaciones a los derechos humanos de la Corte de Apelaciones de Santiago, Mario Carroza, condenó a siete miembros del Ejército en retiro por su responsabilidad en los delitos de secuestro calificado de Miguel Nash Sáez, Jesús Cañas Cañas y Juan Jiménez Vidal, y de homicidio calificado de Marcelo Guzmán Fuentes, Juan Calderón Villalón, Luis Lizardi Lizardi, Julio Cabezas Gacitúa, Julio Córdova Croxato, Mario Morris Barrios, Humberto Lizardi Flores y Juan Valencia Hinojosa, prisioneros políticos ingresados al centro de detención de Pisagua en septiembre y octubre de 1973.
En el fallo (causa rol 2182-98), el ministro de fuero condenó a Sergio Benavides Villarreal y Manuel Vega Collado a penas de presidio perpetuo, en calidad de autores de tres delitos de secuestros calificados y ocho homicidios calificados.
En tanto, Roberto Ampuero Alarcón, Gabriel Guerrero Reeve, Sergio Figueroa López y Arturo Contador Rosales fueron condenados a penas de 15 años y un día de presidio por su responsabilidad en los tres delitos de secuestro calificado y por los homicidios calificados de Marcelo Guzmán Fuentes, Juan Calderón Villalón y Luis Lizardi Lizardi.
Miguel Aguirre Álvarez fue condenado a la pena de 10 años y un día de presidio por su responsabilidad en los tres secuestros calificados, ilícitos perpetrados a partir del 29 de septiembre de 1973.
En la etapa de investigación, el ministro Mario Carroza logró determinar los siguientes hechos:
Que tras el 11 de septiembre de 1973, se instaló en el cuartel general de la Sexta División del Ejército, bajo el mando del general Carlos Forestier Haenseng (fallecido) un operativo de represión permanente a militantes y simpatizantes de los partidos del gobierno depuesto con la denominación de CIRE, y que actuaba por orden y orientación del fiscal militar de la época Mario Acuña Riquelme (fallecido);
Quienes acudían a los llamados efectuados mediante bandos militares o que eran detenidos en allanamientos eran trasladados hasta el cuartel general de la Sexta División del Ejército, desde donde eran derivados al Regimiento de Telecomunicaciones de la ciudad de Iquique, donde eran sometidos a interrogatorios bajo apremios físicos por orden impartidas por el comandante Forestier o el fiscal militar Acuña;
Los detenidos desde el Regimiento de Telecomunicaciones eran llevados al Campamento de Prisioneros de Pisagua donde, nuevamente, eran sometidos a golpizas para “ablandarlos” y se les obligaba a firmar documentos en blanco que erar llevados al fiscal militar Acuña “con el sólo propósito de justificar acusaciones falaces ante Consejos de Guerra simulados y poder solicitar en éstos, condenas como la pena de muerte”, que una vez impuesta se ejecutaba dentro de las 24 horas siguientes con fusilamientos;
Dentro de este modo de operación el 19 de septiembre de 1973, en horas de las mañana, fueron sacados de sus celdas en el Campo de Prisioneros de Pisagua, Juan Calderón Villalón, Luis Alberto Lizardi Lizardi, Marcelo Omar Guzmán Fuentes, Juan Jiménez Vidal, Jesús Nolberto Cañas y Michel Selin Nash Sáez, los que fueron ejecutados en las cercanías del campo de prisioneros bajo el pretexto de que habrían intentado fugarse mientras eran trasladados fuera del lugar. Los cuerpos fueron envueltos en arpilleras y luego inhumados en una fosa en el Desierto de Atacama. Con posterioridad, a mediados del año 1990, son encontrados los restos de Calderón Villalón, Lizardi Lizardi y Marcelo Guzmán Fuentes, pero no se encuentran antecedentes de los cuerpos de Juan Jiménez Vidal, Jesús Nolberto Cañas y Michel Nash Sáez, quienes actualmente se mantienen desaparecidos;
En tanto, el 11 de octubre de 1973 fueron sacados de sus celdas los prisioneros Julio Cabezas Gacitúa, Juan Valencia Hinojosa, Mario Morris Barrios, José Córdova Croxato y José Humberto Lizardi Flores, quienes son ejecutados en un lugar cercano al cementerio con la vista vendada y las manos atadas al margen de toda legalidad, deceso que fue verificado por un médico y en el caso que sobrevivieran se les remató mediante tiro de gracia, luego de ello sus cuerpos fueron envueltos en arpillera y enterrados en una fosa común”.
En el aspecto civil, el fallo condenó al Estado de Chile a pagar, por concepto de daño moral, la suma total de $510.000.000 (quinientos diez millones de pesos) a los padres, cónyuges, hijos y hermanos de las víctimas.