El ministro en visita extraordinaria para causas por violaciones a los derechos humanos de la Corte de Apelaciones de Puerto Montt, Leopoldo Vera Muñoz, sometió a proceso a ex oficiales del Ejército, Carabineros y la Policía de Investigaciones (PDI), por su responsabilidad en los delitos de secuestro, detención ilegal y aplicación de tormentos, ilícitos perpetrados en contra de 19 víctimas en el cuartel de la PDI que, en 1973, se ubicaba en la calle Serena Nº 60, de la ciudad.
Covarrubias fue general de Ejército, agente de la CNI y director de la Dirección de Inteligencia Nacional del Ejército (DINE). En agosto de 2010 Covarrubias Valenzuela fue condenado tres años y un día e inhabilitación perpetua por secuestro y 541 días, más inhabilitación perpetua, por asociación ilícita. Esto fue por su parte en el secuestro del ex agente de la DINA, el químico Eugenio Berrios Sagredo, ocurrido en 1995 en Uruguay.
En Noviembre de 2011, durante la investigación por el homicidio del ciudadano y diplomático español Carmelo Soria Espinoza, la Corte de Apelaciones de Santiago condenó a Eugenio Covarrubias Valenzuela a 3 años de presidio por su responsabilidad y autor de asociación ilícita. Covarrubias cumple desde agosto del 2015 la pena en la cárcel de Punta Peuco.
En la resolución, el ministro Vera Muñoz sometió a proceso a Eugenio Covarrubias Valenzuela, Carlos Tapia Galleguillos y Roberto Díaz Moya, quienes desempeñaron funciones de inteligencia al interior de Comando de Área Jurisdiccional de Seguridad Interior (CAJSI) de Puerto Montt, unidad que comenzó a operar a partir del 11 de septiembre de 1973 en las provincias de Llanquihue, Chiloé y Palena.
En la etapa de investigación, el ministro en visita logró acreditar que integrantes de las Fuerzas Armadas -en algunos casos con orden emanada de la Fiscalía Militar en tiempo de guerra y en otros sin orden alguna-, detuvieron a cientos de personas que en los días inmediatamente posteriores al 11 de septiembre del 73 fueron trasladadas a dependencias del Regimiento Sangra, pero después, a medida que las detenciones aumentaron, fueron ingresadas directamente a los calabozos del cuartel de la Policía de Investigaciones de Puerto Montt, en cuyas dependencias ubicadas en un piso superior eran sometidas a interrogatorios por personal subalterno -suboficiales- bajo el mando y dirección de oficiales superiores, transformándose de este modo ese cuartel en lugar de detención e interrogatorios bajo torturas de diversa índole, asistidos logísticamente por los oficiales que despeñaban funciones de inteligencia al interior del CAJSI, entre otros, el capitán de Ejército, Eugenio Covarrubias Valenzuela, el teniente de Carabineros Carlos Tapia Galleguillos y el Inspector de la Policía de Investigaciones, Roberto Díaz;
Entre las numerosas personas que sufrieron detención y aplicación de tormentos, la investigación ha logrado individualizar a Conrado Ulloa Uribe, Jaime Luis Benítez Sepúlveda; José Alfredo Argel Marilicán; Jaime Nolberto Vera Vera; Edi Rodrigues Ribeiro (sic); Jorge Segundo Ovando Agüero; Ramón Alberto Zambrano Toledo; José Teodomiro Vargas Niello; Luis Alberto Silva Hernández; Luis Humberto Villegas Alvarado; Luis Alberto Guerrero Uribe; Marcia Noelia Oyarzo Groff; Juan Guillermo Leonhardt Catalán; Paulo Hernán Anderson Muñoz; Mario Enrique Contreras Vega; César Vladimir Leiva Garrido; Jaime Alfonso Moraga Zamorano; Marco Antonio Romero Arias, Saúl Sergio Espinoza Villalobos, entre muchos otros, hombres y mujeres, de diversas condiciones sociales y niveles educacionales”.