En el Chocó se maneja una versión distinta de la que ha dado el general Rubén Darío Alzate sobre su secuestro. Esta coincide con la información que los pobladores le entregaron al periódico El Colombiano al día siguiente del secuestro el 16 de noviembre y con el primer comunicado del Bloque Iván Ríos de las Farc, autores del secuestro, antes de que los hechos tuvieran un manejo informativo acorde a las circunstancias del proceso de paz.
El general Alzate llegó hasta el caserío de Las Mercedes sin sus prendas militares y fue contactado por tres personas. Su destino sería un encuentro con emisarios de grupos que manejan la minería ilegal en el Chocó. El general tenía una cita con ellos en la Iglesia y por eso, tal como dicen los habitantes de Las Mercedes, salió tranquilamente a tomar una lancha en la que partió aguas abajo hacia uno de los sitios de dragado.
El general no fue abordado por guerrilleros de las Farc en Las Mercedes como él dijo. Esto habría sido un hecho tan notorio del que se habría percatado esta pequeña comunidad, que insistió en decir que nunca hubo presencia de grupos armados ese día. El general fue interceptado por la guerrilla de las Farc en el recorrido del río. Esto mismo dice el comunicado oficial que envió el Bloque Iván Ríos horas después del secuestro. Según los pobladores del Chocó el general se habría desplazado al sitio para recibir algún tipo de prebendas por dar seguridad en la zona y permitir el traslado de dragas y materiales obtenidos de minería ilegal por los ríos del Chocó. En la zona operan las Farc y las BACRIM de Los Urabeños y Los Rastrojos.
Por estar en actividades totalmente por fuera del servicio, ajenas incluso a la función social que tiene el Ejército, el presidente Santos no dudo en aceptar la baja del General Alzate.