El 9 de noviembre de 2008 la Sra. Negrín, que ejercita la acusación particular en el Sumario 53/2008 del Juzgado Central de Instrucción nº 5, había ejercitado el derecho de recusar a los Magistrados que dos días antes ordenaron paralizar la exhumación de fosas comunes, por estimar que habían cometido una grave falta de imparcialidad. Solicitó comunicar la recusación a la Sala de Gobierno de la Audiencia Nacional para su tramitación por la Sala especial establecida en el artículo 69 de la Ley Orgánica del Poder Judicial.
Al igual que los restantes documentos de este caso judicial, el texto íntegro de la ampliación de la querella se publicará en España: proceso a los crímenes de la Dictadura en cuanto se haga público el contenido de la resolución del 28 de noviembre.
La defensa de Da. Carmen Negrín considera normal la controversia jurídica en la primera investigación abierta en España sobre crímenes de Lesa Humanidad cometidos en España (más de 300.000 españoles ejecutados, más de 3.400.000 víctimas de otros crímenes contra la Humanidad). Pero contribuirá, en la medida que le sea posible, a que el debate jurídico se dirima y resuelva ante Tribunales imparciales. Por ello ha resuelto impugnar la decisión de ayer de la Audiencia Nacional, por estimarla nula de pleno derecho.