Gregorio Álvarez asumió el cargo de Comandante en Jefe de las Fuerzas Armadas en febrero de 1978, por lo que la Fiscalía entiende que el ex dictador debía estar al tanto de los traslados clandestinos ocurridos entre Buenos Aires y Montevideo en esa época. El general niega que haya tenido responsabilidad en los traslados de uruguayos detenidos en Argentina y luego desaparecidos en Uruguay, como parte de las acciones coordinadas contra los opositores políticos por parte de los gobiernos militares que gobernaron en el Cono Sur en los años 70 y 80, conocidas como Plan Cóndor.
Poco antes de conocerse el procesamiento, el Centro Militar, el Círculo Militar y el de Oficiales Retirados de las Fuerzas Armadas han emitido una declaración pública en la que cuestionan la interpretación de la Ley de Caducidad, que perdonó a los militares de los actos cometidos durante el régimen dictatorial.