El texto modificado en el Senado en el segundo trámite, dispone que el Instituto Nacional de Derechos se relacionará con el Presidente de la República, a través del Ministerio de Justicia, lo que, a juicio de quienes lo rechazaron, limita su autonomía.
Objetivos
El objetivo del organismo es la promoción y protección de los derechos humanos de las personas que habiten en el territorio nacional.
Entre sus funciones y competencias está proponer a los órganos de la administración del Estado y al Congreso Nacional, medidas para la promoción y protección de los derechos humanos.
También deberá recopilar, analizar y sistematizar toda la información acerca del funcionamiento de los mecanismos reparatorios e impulsar, coordinar y difundir acciones de orden cultural, destinados a complementar el respeto a los derechos humanos y a reivindicar a las víctimas y a preservar su memoria histórica.
Otra función será reunir y procesar el conjunto de la información existente en poder de entes públicos o privados, que diga relación con las violaciones a los derechos humanos o violencia política.
La dirección superior del Consejo estará a cargo de un Consejo, encabezado por un director. Además, habrá un Consejo Consultivo Nacional, en el que tendrán representación los organismos sociales y académicos dedicados a la promoción y defensa de los derechos humanos y las libertades fundamentales