Berríos fue sacado de Chile en un operativo conjunto de militares de ambos países en 1991, para evitar que declarase en el proceso por el asesinato de Orlando Letelier en Washington 1976 y Bernardo leighton en Roma 1991.
El químico de la policía secreta de Pinochet fue visto por última vez en noviembre de 1992 en Uruguay, cuando se presentó en una comisaría para denunciar que estaba secuestrado, después de lo cual fue entregado a militares y desapareció hasta abril de 1995, cuando se encontró su cadáver, atado y con disparos en el cráneo, en una playa.
En el caso Berríos también se indaga la responsabilidad del químico en el presunto asesinato del ex Presidente Eduardo Frei Montalva, quien falleció en la clínica Santa María en 1982, a raíz de una septicemia luego de una operación.
La tesis de la familia Frei es que Eugenio Berríos participó en el asesinato del ex mandatario (1964-1970) mediante una bacteria que hizo llegar al organismo de Frei a través de médicos adscritos a la DINA que trabajaban en la citada clínica.